La Dirección General de Agricultura, Industria Alimentaria y Cooperativismo Agrario asume las competencias y funciones en materia de higiene de la producción primaria agrícola, sanidad vegetal, autorizaciones relacionadas con organismos modificados genéticamente distintos a la comercialización, medios de producción agrícola, formación, gestión de los Centros Integrados de Formación y Experimentaciones Agrarias (CIFEAS) y transferencia tecnológica, las de promoción, innovación e investigación agroalimentarias, industria alimentaria, control de la cadena alimentaria, gestión del programa de apoyo al sector vitivinícola, régimen de ayudas a los productores de frutas y hortalizas, asociacionismo agrario, estadísticas, seguros agrarios y defensa de la calidad agroalimentaria.