La Dirección General de Mar Menor asume las competencias y funciones de estudio, planificación, ejecución y desarrollo de los proyectos y actuaciones en el Mar Menor relacionados con la protección y regeneración ambiental de su ecosistema, sin perjuicio de las atribuidas a otros Órganos Directivos de la Administración Regional, las de coordinación con los distintos organismos y Direcciones Generales de la Comunidad Autónoma, y con otras Administraciones Públicas y entidades públicas o privadas con competencias concurrentes para el desarrollo de dichos proyectos y actuaciones, y el impulso del conocimiento científico y la investigación aplicada en relación con el Mar Menor.
Quedan adscritos a esta Dirección General los Órganos de Gobernanza del Mar Menor.
Queda adscrito funcionalmente a esta Dirección General el Observatorio del Mar Menor.