La Dirección General de Medio Ambiente asume las competencias y funciones de órgano ambiental en los procedimientos de evaluación ambiental de planes, programas y proyectos en los que esta función corresponda a la Comunidad Autónoma, excepto en aquéllos en los que actúe como órgano sustantivo y/o promotor en virtud de sus competencias, las de planificación en materia de calidad ambiental, prevención y gestión en materia de residuos, suelos contaminados, vertidos al mar y calidad del aire, autorización ambiental integrada, autorizaciones ambientales sectoriales en materia de residuos y suelos contaminados, de actividades potencialmente contaminadoras de la atmósfera, de vertidos de tierra al mar, vigilancia e inspección en estas materias, las de reconocimiento de la excelencia ambiental y de acceso a la información en materia de medio ambiente.
Asimismo asume las funciones en el control, prevención y seguimiento de zonas vulnerables a la contaminación por nitratos de origen agrario.