La Dirección General de Universidades asume las competencias del departamento en materia de universidades; la propuesta, desarrollo y ejecución de las directrices generales del Consejo de Gobierno en materia de Universidades; la coordinación, seguimiento y ejecución de planes y programas singulares o estratégicos en el ámbito de su competencia; así como el protectorado de las fundaciones universitarias.