La Secretaría General ejercerá las funciones que le atribuye el artículo 17 de la Ley 7/2004, de 28 de diciembre, de Organización y Régimen Jurídico de la Administración Pública de la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia, así como la coordinación de las Oficinas Comarcales Agrarias.
También asume las funciones de Auditoría Interna del Organismo Pagador, las encomendadas al Organismo Intermedio de Certificación del Fondo Europeo Marítimo y de Pesca (FEMP), las de promoción, innovación e investigación agroalimentaria, control y modernización de procedimientos”
En relación a las competencias de la Consejería como Organismo Pagador de los Fondos Agrícolas Europeos, ejerce las funciones de ejecución de pagos, control y de relación con el organismo de coordinación y de contabilidad.