La Dirección General de Presupuestos y Fondos Europeos es el órgano directivo encargado de la política regional en materia de planificación económica regional; en materia presupuestaria y financiera, sin perjuicio de las competencias propias del Instituto de Crédito y Finanzas de la Región de Murcia; así como las relativas a los Fondos Estructurales, el Fondo de Cohesión y cualesquiera instrumentos de financiación procedente de la Unión Europea, no atribuidas a otro Departamento.
Además le compete el análisis, estudio y seguimiento del sistema de financiación autonómica, así como el análisis y coordinación presupuestaria de los traspasos de competencias que afecten a la Comunidad Autónoma de la Región de Murcia.